Аналіз великої історичної літератури показує, що медицина і релігія завжди вели непримиренну боротьбу, яка триває і по теперішній час. Тактика і прийоми боротьби проти релігії науки змінюються залежно від соціальних відносин і умов життя суспільства. В даний час навіть церква робить спроби примирити релігію і сучасну науку. «... Відкидати досягнення людського розуму - це значить відкидати, те, чим Бог обдарував людину, відкидати Божу доброту» . На думку теологів, особливо коли це їм вигідно, прогрес науки і медицини здійснюється за пристойним дозволу, і вони намагаються довести, що медицина і релігія виникли разом, розвиваються взаємно, допомагаючи один одному, так як їх коріння нібито спочивають на віру в небесного творця, і віра в бога і лікарське діяння є результатом божественного одкровення. «...Медична допомога - це встановлення божественне натхнене і благословляемое самим Господом». Буржуазна філософія і в даний час проповідує ідею, що першими лікарями були служителі релігії. Однак, як показує історія науки, медицина виникла значно раніше, ніж релігія, ще на зорі появи первісної людини. Народний досвід накопичив знання про поживних, отруйних і цілющих рослинах. «Очевидно, що першими цілющими рослинами були визнані болезаспокійливі (насамперед пасльонові); дуже рано могли бути виділені також рослини, надають подразнюючу дію на травний тракт, можливо, що вже в цей час стали відомі збуджуючі властивості чагарнику «Кока», наркотичні властивості маку, тютюну, гашишу. Всі ці рослини вживалися лікування хвороб в глибокій старовині» .
Важливим доказом того, що медицина і релігія виникли в різний час, є життя відсталих народів і племен Азії, Африки та Америки, які знаходяться на рівні раннього родового ладу і не мають релігії, але володіють медичними знаннями. В Європі релігія виникла приблизно 20000 - 30 000 років тому. Існували елементи медицини поступово вбирали уявлення про надприродною силою дії ліків. У деяких народів медицина взагалі стала культом. Наприклад, у Стародавньому Єгипті медициною займалися жерці, в Росії - довгий час ченці. Оскільки різні культові дії не могли надати допомоги хворим, вимушено застосовувалися і інші методи лікування, іноді призводили до одужання. В цілому втручання церкви в медицину завдало величезної моральної та фізичної шкоди. З одного боку, професійне невігластво, засноване на вірі в бога, з іншого - релігія душили прояви нового у всіх областях знань. Наука взагалі не могла розвиватися на основі теологічного вчення про створення світу і походження органічного життя, так як церква вела боротьбу з новими ідеями і особливо з науковою медициною, що стоїть на шляху пізнання людиною самого себе. У кращому випадку церква заохочувала шаманство і знахарство. Духовенство надавало прокляттю своїх ідейних супротивників, забороняло застосовувати нові методи лікування, фізично расправлялось з вченими, що гальмувало розвиток медицини на протязі тисячоліть. Прогрес науки підривав авторитет релігії і «чудодійних» засобів зцілення, на чому церква наживала величезні доходи. Святий Амвросій заявляв, що «... приписи медицини суперечать небесного знання, пильнування і молитві».
Найбільш виразним виявом боротьби проти релігії медицини була заборона церкви вивчати будову людини. Ця заборона завдав величезної шкоди розвиткові медицини. В результаті невігластва лікарів багато тисяч хворих поплатилися життям. Недарма навіть в період розгулу міфів та релігії на початку XIII століття салернский король Фрідріх II звернувся до духовенства та населення з проханням дозволити лікарям хоча б один раз у 5 років виробляти розтину. Заборона церкви розтинати трупи пояснювався тим, що людина-це храм святого духа; в день страшного суду людина має воскреснути таким, яким він був, що церква «з огидою ставиться вона до крові». Останній аргумент досить лицемірний, так як церква в період інквізиції в боротьбі з науковими знаннями, з «нечистою силою» знищила мільйони людей. У вогнищах згорали одночасно сотні людей і були селища, де залишалися всього 2-3 жінки, не знищені інквізицією. Було б величезним нещастям для людства, якби релігія зайняла панівне становище, як в період середньовіччя.
В 1553 р. в Женеві за вказівкою протестантського діяча Кальвіна був живцем спалений іспанський учений і просвітитель М. Сервет, який відкрив мале коло кровообігу, за те, що він намагався проникнути в «справи божі».
Реформатор анатомії Везалій також став жертвою церкви. Незважаючи на заборону папи Боніфація III, Везалій препарував трупи. Щоб не викликати підозр, він ховав трупи в своєму ліжку і, працюючи у вічному страху і самітництво, все ж створив працю «Про будову людського тіла», яким зруйнував схоластичну анатомію Галена, Арістотеля і Авіценни. Везалій спростував багато догми, освячені церквою. Наприклад, він встановив, що у чоловіка і жінки 24 ребра, Біблія ж вчила, що у чоловіка 23 ребра, так як з 24-го богом була створена жінка. Потім Везалій спростував існування у людини неспалимою кісточки, що в день страшного суду повинна дати поштовх до воскресіння з мертвих. Природно, такий кісточки не виявилося. Церква звинуватила Везалия в богохульстві. Деякий час інквізиція не могла виконати свої наміри щодо Везалія, але після смерті іспанського короля Карла V, який протегував йому, таємний суд інквізиції засудив Везалія до покаяння. Він повинен був босоніж пройти шлях з Іспанії в Єрусалим і замолити біля гробу господнього свої гріхи. Приводом до суду послужила версія, очевидно, вигадана інквізицією, що Везалий розкрив живу світську даму. Навряд чи ймовірно таке твердження, бо Везалій був вправним лікарем свого часу. Не випадково він багато років був придворним лікарем Карла V і Філіппа II, супроводжував їх постійних і важких походах і в зв'язку з цим змушений був залишити анатомічні дослідження. Везалій попрямував до Єрусалиму, і в 1564 р. по дорозі на батьківщину корабель зазнав аварії. Везалій був викинутий на берег о. Занте, де важко захворів. Він помер 15 жовтня 1564 р. у злиднях і самотності.
Заборони розкривати і препарувати трупи з науковими цілями існували і в Росії. Так, у 1820 р. попечитель Казанського навчального округу М. Л. Магницький під тиском реакційної професури заборонив розтинати трупи на медичному факультеті Казанського університету. Під дзвін дзвонів і молебень були поховані навчальні експонати та музей університету, в тому числі і препарати, виготовлені Рюишем і куплені Петром I. Вивчати анатомію дозволялося лише за малюнками. Церква порушила судову справу
проти В. М. Сєченова після виходу його праці «Рефлекси головного мозку» (1863). І. М. Сєченов звинувачувався в тому, що психіку людини, він пояснював не з релігійних позицій, а матеріальними причинами. В обвинувальному акті вказувалося: «Ця матеріалістична теорія, відкидаючи вільну волю і безсмертя душі, не згодна ні з християнською, ні з кримінально-юридичним поглядом» Навіть у наш час, коли італієць Петруччи здійснив запліднення жіночої яйцеклітини поза організмом і протягом 2 міс вирощував плід, він змушений був припинити експеримент під тиском церкви.
В даний час церква прагне застосувати тактику примирення релігії і науки. У США до лікарів пред'являється вимога розвивати спілка релігії з наукою; лікар повинен визнавати бога, а потім тільки орієнтуватися на медичну науку.
На прикладі медицини та анатомії видно, яку боротьбу веде церква з усіма новими проявами лікарського мистецтва, заснованого на практиці, досвіді, експерименті та теорії пізнання, а не на вірі в сотворіння боже. Факти закликають вчених до боротьби з релігією і знищення забобонів, викриття старих і нових ідеалістичних філософських течій. Радянські вчені, озброєні марксистсько-ленінської теорією пізнання, що спираються на науку, яка представляє рушійну силу розвитку суспільства.
Марксизм-ленінізм щодо релігії ґрунтувався на тому, що вона завжди є соціальною. При зміні суспільних формацій відзначається зростання атеїстичних тенденцій. Так було в період буржуазних і соціалістичних революцій. Втрата престижу віри в бога пояснюється тим, що кожна суспільна формація сприяє створенню більш високого науково-технічного рівня, більш високої культури і самосвідомості пригноблених верств суспільства. Те ж спостерігається і в період національно-визвольного руху, коли боротьба народу за свою свободу веде до зростання національної самосвідомості, переоцінки існуючої культури, розбудові релігійного сприйняття світу та задоволенню духовних запитів не релігійною містикою, а шляхом реальної оцінки існуючої дійсності. В даний час в усьому світі відзначається занепад релігії. Величезну роль у цьому відіграє успішне розвиток країн соціалістичної співдружності, об'єднаних комуністичним світоглядом. Загострення кризи і зростання класової боротьби в капіталістичних країнах переконливо демонструють порочність буржуазного ладу і релігії як форм ідеологічного впливу на маси. Матеріалістичне вчення про релігію ґрунтується на теорії і практиці наукового атеїзму в тісній співдружності з завданнями антиімперіалістичної боротьби трудящих, коли розкривається соціально-класовий характер релігії, показується несумісність релігії та марксистсько-ленінської ідеології, релігії і науки, релігії та прогресу. Ось чому з перших кроків Радянської влади церква була відокремлена від держави, тим самим дозволивши свободу атеїзму і віросповідань. Як вчить марксизм-ленінізм, боротьба з релігією може бути успішною тільки при знищенні старих суспільних відносин, заснованих на експлуатації та соціальне рабство. У соціалістичному суспільстві відбулося звільнення від соціального і духовного гноблення, що призвело до формування нової людини, позбавленої релігійних забобонів, що виступає проти клерикальних концепцій. Програма Комуністичної партії Радянського Союзу орієнтує на науково-матеріалістичний світогляд. Із зростанням комуністичної свідомості релігія і забобони поступово зникнуть і будуть представляти тільки історичний етап на шляху торжества свободи людської особистості і комуністичної моралі.