Основним виробничим приміщенням аптеки є асистентська. Тут на спеціальних асистентських столах проводиться виготовлення ліків за рецептами лікарів. Асистент готує різні лікарські форми у відповідності з діючою Державною фармакопеєю. З цією метою він виконує цілий ряд складних фармацевтичних операцій в залежності від того, яку лікарську форму він приготовляє (відмірювання з бюреток, відважування, фільтрація, розтирання, подрібнення, перемішування, дозування, розплавлення основ для мазей та ін), перевірку точності ваг і разновесов, якість збірки бюреточной системи, чистоту та якість посуду, роботу апаратів і т. д.
В обов'язки асистента входить приготування стерильних і асептичних лікарських форм (розчинів для ін'єкцій, очних крапель, очних мазей та ін). Цю роботу він виконує в асептичних умовах в окремій кімнаті асептичного (в аптеках I і II категорії), або в боксі (ізольованою скляними перегородками частини асистентської), або, нарешті, в настільному боксі, який представляє собою стіл з розташованим на ньому скляним футляром, що мають з лицьової сторони розсувну або опускається дверцята. Як окрема кімната, так і бокс обов'язково повинні мати шлюз (предбоксник). При виготовленні стерильних ліків асистент, крім звичайних фармацевтичних операцій, проводить стерилізацію ліків в спеціальній апаратурі, розміщеної у стерилізаційної (автоклави, сушильні шафи).
Одне з робочих місць за ассистентским столом займає контролер, в обов'язки якого входить розподіл надійшли рецептів між асистентами і систематичне спостереження за виготовленням ліків. Він здійснює також контроль якості ліків шляхом опитування асистентів, органолептичними, фізичними та хімічними способами. Органолептичний контроль полягає у перевірці кольору ліків, їх прозорості, запаху, смаку, однорідності змішування та ін. Фізичний контроль виконується шляхом вибіркового зважування як ліки в цілому, так і окремих його доз. Нарешті, хімічний контроль полягає в перевірці ліків хімічним аналізом. Підготовлене і перевірене ліки контролер передає для остаточної обробки і оформлення підсобним працівникам, також працюють за ассистентским столом. Крім того, контролер сам виробляє відважує отруйних засобів (список А) і спостерігає за якістю дистильованої води і умовами зберігання медикаментів в асистентській.
У рецептурному відділенні та відділенні ручної продажу аптечних товарів працюють рецептар-контролер і ручнист. Рецептар-контролер, одержавши від відвідувача рецепт, перевіряє його зміст, звертаючи особливу увагу на правильність дозування і прописи, після чого встановлює вартість ліків (таксування), виписує замовникові квитанцію і, отримавши касовий чек, вручає її відвідувачу. Отримані рецепти він передає контролеру в асистентську. При відпуску виготовлених ліків рецептар ще раз переглядає рецепт і встановлює його відповідність виду і формі відпускається ліки. Робота ручниста полягає у відпустці відвідувачам готових лікарських засобів та інших предметів аптечного асортименту.
В аптеках проводиться також хімічний і фізико-хімічний контроль якості виготовлених ліків. Цю роботу виконує аналітик, робочий стіл якого розташований в асистентській (за винятком аптек I і II категорії, які повинні мати окремий аналітичний кабінет). В обов'язки аналітика входить якісний і кількісний аналіз знаходяться в бюретках на ассистентском столі концентрованих розчинів ліків, дистильованої води та лікарських напівфабрикатів. Всю цю роботу аналітик виконує з допомогою всіляких хімічних операцій, пов'язаних з відліком поділок на бюретках і піпетках, зважуванням на аналітичних вагах, розрізненням колірних відтінків при колориметрії та ін Поряд з цим він зобов'язаний стежити за отриманням дистильованої води, її зберіганням і постачанням нею асистентських столів, а також за дотриманням правил зберігання медикаментів.
Всі надходять в аптеку медикаменти і медичні вироби приймає дефектар - особа, яка опікується запасами аптечних товарів і забезпечує поповнення аптеки всім необхідним для виготовлення ліків та ручного продажу. Для зберігання запасів призначені матеріальні кімнати і підвали. У матеріальній кімнаті у шафах зберігаються всі надходження аптечних товарів, які можна тримати при нормальних температурах і вологості повітря; у підвалі зберігаються товари, для збереження яких потрібна низька температура. Деякі лікарські засоби зберігаються в холодильнику. Робота дефектара полягає у відпустці медикаментів та інших товарів із запасів в асистентську та у відділення ручного продажу, складання заявок і замовлень, а також виконання замовлень лікувально-профілактичних закладів, прикріплених до даної аптеці. Він відає також виготовленням концентрованих розчинів ліків, що надходять на асистентську столи, і внутриаптечными заготовками, що представляють собою заздалегідь готуються суміші двох або декількох препаратів, що систематично повторюються в рецептурі.
В якості підсобного персоналу в аптеці працюють фасовщицы і санітарки. Фасовщицы, крім роботи за ассистентским столом, виробляють також внутриаптечную розфасовку порошкоподібних медикаментів, розвішуючи їх відповідно до встановленої рецептурної прописи, закладаючи в паперові пакетики. Вони виконують також об'ємну розфасовку у склянки або флакони рідких ліків, серед яких зустрічаються речовини, що виділяють у повітря отруйні пари і гази (нашатирний спирт, йод та ін).
Деякі аптечні операції виробляються в стерилізаційної - спеціальному приміщенні, призначеному для стерилізації ліків. Тут встановлені сушильну шафу, автоклав та ін Тут же відокремлена перегородкою кубова, в якій знаходиться перегінний апарат з холодильником для отримання дистильованої води. Всю різноманітну роботу на цих апаратах виконують асистенти і дефектар з допомогою підсобного персоналу.
Для виготовлення і відпуску ліків необхідні чистий аптечна тара (склянки, банки, штангласы тощо) і посуд (воронки, циліндри, колби тощо). Їх очищення, миття та знезараження виробляються в мийному відділенні. Основним обладнанням мийної є бетонні, облицьовані кахельними плитками, або мармурові мийні ванни з 2 або 3 секціями. До них підведена холодна і гаряча вода. Обробку нової посуду починають з замочування в слабкому мильному розчині протягом 1-2 годин. Потім її прочищають волосяним йоржем і після промивання проточною водопровідною водою прополіскують дистильованою водою і встановлюють в гнізда дерев'яної решітки шийкою вниз. В даний час для миття використовують також розчин гірчиці. Оброблену посуд піддають сушці в сушильній шафі, після чого, підібравши до неї пробки, зберігають у закритих шафах. Особливо ретельно обробляють посуд для стерильних ліків: після звичайного миття її обполіскують стерильною дистильованою водою до нейтральної реакції і стерилізують шляхом нагрівання в автоклаві в парах води при 110° протягом 60 хвилин або при 120° протягом 15-20 хвилин. Стерилізація може виконуватися і шляхом нагрівання посуду в сушильній шафі при 160-170° протягом години або текучою парою при 100° протягом 30-60 хвилин. Потім посуд закупорюють пробками з підкладеними під них стерильними підкладками з пергаментного паперу і встановлюють шафи. У великих аптеках для обробки посуду застосовують механічні ополіскувачі та мийні машини. Всю роботу з очищення та миття аптечної тари та посуду виконують санітарки.
