У 1932 році Чернігівський повертається в рідне Свердловськ на місце асистента кафедри фізіології медичного інституту. У 1936 році у Володимира Миколайовича вже дев'ять наукових робіт, за які він отримує без захисту дисертації вчений ступінь кандидата медичних наук. У 1937 році Чернігівський переїхав до Ленінграда, щоб працювати у Всесоюзному інституті експериментальної медицини.
Тут він створив основні методи дослідження интероцепции, службовці людства до наших днів. У феноменально короткі терміни була написана докторська дисертація - позначилися не лише видатну майстерність експериментатора, незалежність і сміливість думки, але і незвичайна, майже надлюдська працездатність. У 1939 році після доповіді про своїх дослідженнях интероцепции він отримує бронзову медаль імені Павлова.
У 1940 році Володимир Миколайович стає викладачем кафедри нормальної фізіології Військово-морської медичної академії.
Докторська дисертація була захищена 13 червня 1941 року, за дев'ять днів до нападу фашистів на нашу країну.
Під час війни Чернігівський провів близько півроку в діючому флоті - у з'єднанні підводних човнів, що базувалися на узбережжі Кавказу. В 1943 році вийшла в світ перша книга Ст. Н. Чернігівського «Аферентні системи внутрішніх органів». В 1944 за цю книгу, до речі, так і залишилася його улюбленим дітищем, Володимир Миколайович був нагороджений премією імені В. П. Павлова, настільки високо оцінив його перший капітальний працю Президія Академії наук СРСР. Тепер Володимир Миколайович - професор кафедри фізіології Військово-морської медичної академії. У нього з'явилися перші учні: курсанти і слухачі, які склали команду «Брига».
У його докторській дисертації були вже насіння майже всього того, що згодом розрослося у величезну струнке дерево, яке сьогодні називається интероцепцией.
«Интероцептор» - не новий термін, що його вперше ужив старший його сучасник Шеррингтон, один з провідних фізіологів Англії. Однак Шеррингтон мав на увазі лише те, що слизова оболонка кишечника повинна мати чутливістю, тобто мати интероцепторы. Він, звичайно, знав і про те, що серце, аорта і каротидного синусів разом з їх клубочками є интероцептивными зонами, які відповідають на механічне (артеріальний тиск) і на хімічні подразнення. Однак далі в цій області Шеррингтон не пішов, коло його наукових інтересів був іншим.
Вчення про интероцепции, опиравшееся спочатку тільки на ці деякі факти та на слова Сєченова про «темних відчуттях», імовірно вихідних від скелетних м'язів і внутрішніх органів і побічно свідчать про їх чутливості, вчення про интероцепции, в основу якого лягло ще інтуїтивне припущення Павлова про те, що всі органи, в тому числі внутрішні, повинні мати чутливі нервові закінчення і керуючі нерви, так чи інакше пов'язані з корою головного мозку, це вчення було розвинене Ст. Н. Чернігівським.
Співробітники та учні писали, що наукова та громадська діяльність академіка Ст. Н. Чернігівського - це величезний внесок вченого-творця у розвиток фізіології, створення нових її розділів, це і самовіддану працю вченого-організатора, який керував найбільшими фізіологічними установами нашої країни, це і постійна турбота про гармонійний розвиток фізіології - її новітніх і традиційних областей, це вияв таланту вченого-вихователя, постійно привлекавшего молодь у науку, це, нарешті, сотні вчених, і молодих і зрілих, вдячно пам'ятають схвалення, підтримку, цінні поради, дружню допомогу, душевну щедрість Володимира Миколайовича.
