Паразитарні захворювання, особливо в тропічних країнах, часто є причиною ураження шлунково-кишкового тракту, порушення всмоктування, затримки розвитку дитини, а також еозинофілії та підвищення рівня сироваткових IgE. Всі зазначені симптоми нерідко виявляють і при шлунково-кишковій формі алергії. При підозрі на алергію до молока у дітей слід виключити можливість розвитку паразитарних захворювань, що спричиняються інвазією наступних паразитів: Giardia lamblia, яку виявляють у калі або в дуоденальному вмісті; Strongyloides stercoralis, має характерну рабдитовидную личинку, яку виявляють у калі або в біоптаті вмісту тонкого кишечника; Coccidia, яку важко діагностувати; в ряді випадків вдається виявити в калі або біоптаті тонкого кишечнику за допомогою методу флотації з сульфатом цинку.
