Пізніші зміни в трупі розвиваються повільніше, ніж ранні, і зовні проявляються пізніше. У звичайних умовах труп піддається впливу зовнішніх факторів, основними з яких є кисень повітря, вологість і температура навколишнього середовища. Зміна параметрів навіть одного з названих факторів різко відбивається на біохімічних процесах розкладання, що відбуваються в трупі. Окремі види пізніх трупних змін закінчують своє формування через місяці і навіть роки. В залежності від умов навколишнього середовища труп може піддаватися руйнуванню чи консервації.
До пізніх трансформативным, або руйнівним, змін трупа належать процеси гниття, що призводять в остаточному підсумку до повного зникнення органічних субстанцій. Гниття - це складний мікробіологічний процес, який полягає в розкладанні органічних субстанцій, перш за все білків в органах і тканинах під дією різних мікроорганізмів. При сприятливих умовах (достатня вологість, доступ кисню повітря, позитивна температура зовнішнього середовища) мікроорганізми починають посилено розмножуватися, виділяючи велику кількість протеолітичних ферментів, які розщеплюють органічні сполуки.
Як правило, в процесі гниття беруть участь як аероби, так і анаеробів. Найбільш інтенсивно цей процес розвивається під дією мікроорганізмів, що відносяться до групи аеробів. Під впливом анаеробів гниття протікає більш повільно, з виділенням речовин, які мають дуже неприємний запах. В діях мікроорганізмів спостерігається більш або менш виражена закономірність. Одні розкладають білок до пептонів, альбумоз і амінокислот, інші до кінцевих продуктів розпаду; до них відносяться валеріанова, оцтова, щавлева кислота, крезол, фенол, метан, аміак, азот, кисень, водень, вуглекислий газ і т. д. Серед них гази - сірководень, метилмеркаптан і етилмеркаптан, володіють специфічним для гниття запахом. Патогенні мікроорганізми при гнильному розпаду тканин трупа під впливом «банальною» флори піддаються загальним законам розкладання і в зв'язку з цим зараження інфекційними захворюваннями, при контакті з трупом практично не відбувається.
Інтенсивність процесу гниття залежить від багатьох причин. Найбільш оптимальні умови для гниття трупа виникають при температурі навколишнього середовища 30, 40 °С. Гниття швидко розвивається на повітрі, повільніше у воді і ще повільніше в ґрунті. Трупи, хто в гробах, особливо при їх герметизації, загнивають ще більш повільно. При температурах 0 - 1 і 50, 60 °С процес гниття різко сповільнюється, а при сухому повітрі може припинитися зовсім і труп поступово переходить в стан природної муміфікації. Якщо смерть настала від сепсису або при наявності інших гнійних процесів, гниття значно прискорюється. При тривалих атональных станах бар'єрні функції товстого кишечника порушуються, що сприяє поширенню кишкової флори ще в період вмирання, ця обставина сприяє одночасному розвитку гниття у всіх органах.
Гнильні процеси в трупі починають проявлятися незабаром після настання смерті. Гниття зазвичай починається в товстому кишечнику і виражається в утворенні гнильних газів. Анатомічно сліпа і сигмовидна кишки безпосередньо прилежат до передньої стінки живота. Сірководень, що міститься в гнильних газах, проникає через кишкову стінку, з'єднується з залізом гемоглобіну крові судин черевної стінки, утворюючи сульфгемоглобин, забарвлюється в зелений колір передню черевну стінку в клубових областях. Перші ознаки гниття в звичайних кімнатних умовах (16, 18 °С) з'являються на 2-3-й день у вигляді зеленуватих плям у правій, а потім і лівої клубових областях (трупна зелень). Потім на 3-4-й день внаслідок наростаючого тиску гнильних газів у черевній порожнині, мікроорганізми поширюються по венозним судинам, викликаючи гниття крові, що утворює гнильну венозну мережу брудно-зеленого кольору, добре видиму при зовнішньому огляді трупа.
Гнильні гази накопичуються в підшкірно-жировій клітковині і розтягують шкіру, утворюючи трупну емфізему. Особливо роздутими виявляються обличчя, губи, молочні залози, живіт, мошонка, кінцівки. У зв'язку з утворенням трупної емфіземи тіло трупа набуває незвично великі розміри.
Гази, що скупчилися в клітковині шиї і глоткового кільця, виштовхують мову з порожнини рота, і він виступає з-за зубів. Тиск газів у черевній порожнині може досягати двох атмосфер. Під впливом газів вміст шлунка може переміститися через стравохід у порожнину рота - виникає так звана посмертна «блювання». До цього часу вся шкіра трупа набуває брудно-зелений колір. Епідерміс на окремих ділянках відшаровується, утворюючи пухирі з серозно-кров'яним вмістом. При розриві бульбашок оголюється волога, буро-червона поверхня дерми.
