При розгляді у філогенетичному плані розвитку кісткової тканини необхідно зупинитися на виникнення шкірного і внутрішнього скелетів.
Шкірний скелет. У шкірі ганоидных (хрящових; риб окремі луски шкіри зростаються у великі пластинки. На нерухомих частинах тіла (голова, плечовий пояс) вони перетворюються в кістку. Особливо великий кістковий щит був виражений у двоякодышащей риби Dipterius і покривал хрящової череп. На кісткових пластинках і окремих чешуях у цієї риби розташовувалися численні шкірні зуби, що складаються з дентину і перетворені з перетинки, підстилаючої епідерміс. Дентин є безклітинним освітою. Ці зуби зрощені в єдиний шар, пронизаний численними каналами. У кожному шкірному зубі є порожнина для пульпи, через яку відбувається живлення зуба. Плоскі вершини зубів і їх бічні сторони покриті шаром емалі. Такі ж зуби є і в ротовій порожнині, що спеціалізуються разом з щелепним апаратом для жування. Таким чином, кожна пластинка ганоидной луски складається з кісткової основи і дентинного шару. Подібну будову ганоидной луски дозволяє припустити, що кістка утворилася з дентину допомогою включення колагенових волокон і остеобластів. Перша кістка, оточена мезодермой, перебувала в кращих умовах живлення і росту й тому витіснила дентинный скелет. Отже, спочатку кісткова тканина з'явилася в шкірних покривах, а потім утворився внутрішній скелет.
Шкірні кістки у більш високорозвинених тварин занурилися під шкіру і вступили в зв'язок з внутрішнім скелетом, утворюючи на ньому покривні кістки. Приблизно такий же процес відбувався з покривними кістками ротової порожнини, які, занурюючись в слизову оболонку, що вступили в зв'язок з кістками щелеп, утворюючи зуби. Хоча у наземних хребетних лускатий покрив зник, але збереглося похідне у вигляді покривних кісток черепа, ключиць і зубів, у рептилій зустрічаються черевні ребра і щит у черепахи. Покривні кістки розвиваються самостійно від хряща і з ним первинно ніколи не бувають пов'язані.
Внутрішній скелет. У безхребетних (кишечнополостные) внутрішній скелет представлений сполучнотканинної прошарком, що лежить між эктодермой і энтодермой. У губок кістяк складається з вапняних і крем'яних голок, продуктів мезенхімних клітин. Членистоногі мають хітинову оболонку, яка є продуктом основної перетинки. У черв'яків існує система сполучнотканинних пластинок, що розмежовують окремі органи. У ланцетника тільки хорда - клітинне освіту, а органи відокремлені один від одного безклітинним опорним речовиною. Скелет хребетних складається з кісткової і хрящової тканин, що оточує нервову трубку, вісцеральний апарат і проникає у плавниковые складки для кінцівок. Передбачається, що внутрішній кістковий скелет виник з кісток шкірного скелета.