Анатомічним субстратом вродженого адреногенітального синдрому є гіперплазія надниркових залоз. Ступінь гіперплазії може бути різною; зазвичай більш виражена гіперплазія при вродженій, ніж при постнатальной формі. Різниця в гіперплазії ще більш виражена при адреногенітальному синдромі з втратою солей. Збільшення надниркових з часом посилюється: якщо в перші місяці життя надниркові залози збільшені лише в 2-4 рази, то у старших дітей розміри надниркових залоз вже в 10 разів більше нормальних (Н. W. Jones a. G. Е. S. Jones, 1954; Siebermann, 1957).
На початку є гіперплазія звивин, а в подальшому відбувається їх злиття.
Гіперплазія спостерігається у всіх трьох шарах кори надниркових залоз, однак гіперплазія найбільш виражена у zona fasciculata. Гістологічна картина при адреногенітальному синдромі з втратою солей значно відрізняється від гістологічної картини при інших формах адреногенітального синдрому; для цієї форми характерна вакуолізація клітин, межі між клітинами часто змазані, що злилися разом клітини утворюють гроновидні порожнини. Гістологічна картина дуже нагадує картину при синдромі Watterhouse - Friedrichsen.
Разом з віком змінюються не тільки розміри надниркових залоз, але і їх структура. Часто спостерігається розширення zona reticularis, значна гіперплазія zona fasciculata, тоді як зовнішня zona glomerulosa стає більш тонкою. У виняткових випадках і тільки у дорослих хворих відбувається потовщення і zona glomerulosa.
В корі надниркових залоз відкладається пігмент бурого кольору; найбільше скупчення пігменту відбувається в zona reticularis; значно зменшується кількість суданофильных ліпоїдів. Новітні дослідження не підтвердили раніше передбачуване розширення Х-зони.
Щодо місця освіти андрогенних гормонів думки авторів розходяться. Раніше вважалося, що ці гормони утворюються в zona fasciculata; в даний час більшість авторів вважає, що андрогенні гормони виділяються обома шарами.
Яєчники у новонароджених і маленьких дівчаток не відрізняються від нормальних. У старших дівчаток припиняється ріст фолікулів; завдяки передчасної атрезії відбувається загибель дуже великого числа примордиальных фолікулів. В період статевої зрілості овуляції не відбувається.
