Перфорації відносяться до найбільш тяжких і небезпечних ускладнень. За статистикою Гаммера і Джонса (J. W. Р. Gummer, F. A. Jones, 1961), вони становлять 2-6%; за даними великої лейпцігській лікарні,- 10% [Алмі (Т. F. Almy), 1965]. Симптоматика перфорацій при виразковому неспецифічному коліті часто буває замаскованої, що обумовлює велику смертність при їх виникненні. Тромбоемболічні ускладнення зустрічаються в 17% випадків (Алмі, 1965). Можливі і профузні кишкові кровотечі. Утворення стриктури кишечнику спостерігається при тривалому перебігу захворювання. З місцевих ускладнень важливе значення має вторинна інфекція, що супроводжується гарячкою, лейкоцитозом і нерідко освітою аноректальных абсцесів і кишкових фістул.
За даними Боккуса (Н. L. Bockus, 1964), частота раку, що виник внаслідок малігнізації неспецифічного виразкового коліту, коливається від 0,7 до 11% випадків, а за його матеріалами складає 4,8%; за даними Алмі(1965),- 2,8-3,5% . Рак товстої кишки, що виник на тлі неспецифічного виразкового коліту, зустрічається в більш молодому віці, ніж зазвичай, протікає несприятливо (рано метастазує); прогноз поганий.