Документація медичної служби цивільної оборони враховує номенклатуру поразок, розміри і склад санітарних втрат, сприяє проведенню швидкого сортування уражених і забезпечує спадкоємність їх лікування. Документація МСЦО полегшує керівництво медичною службою та забезпечує аналіз санітарних наслідків військового часу. Документація МСЦО поділяється на облікову і звітну. До облікової документації належать документація лікувально-евакуаційного призначення і документація обліку діяльності медичних установ.
Обліковою документацією лікувально-евакуаційного призначення є: картка первинного обліку, эвакопаспорт, історія хвороби та евакуаційна документація медичних розподільних пунктів (МРП), эвакоприемников (ЕП) і сортувальних майданчиків головних лікарень або сортувально-евакуаційних госпіталів (СЭГ). Картку первинного обліку заповнюють на кожного ураженого там, де йому вперше надають лікарську допомогу. У эвакопаспорте, що заповнюється в ОПМ, вказують маршрут прямування автомашини, кількість і категорії уражених, що знаходяться в ній. Історії хвороби в ОПМ заповнюють тільки на нетранспортабельних уражених; у стаціонарних лікувальних закладах - на кожного ураженого. На МРП ведеться відомість обліку завантаження кожного лікарняного колектора, а на сортувальній майданчику головної лікарні, СЭГ і ЕП - відомість завантаження кожної профільованої лікарні лікарняного колектора.
До документації обліку діяльності медичних установ в системі МСЦО відносять: журнали обліку переливання крові, реєстраційний, лабораторних досліджень, профілактичних щеплень, карта вибулого із стаціонару та ін. В системі МСЦО використовуються деякі облікові форми медичних документів органів охорони здоров'я мирного часу (результати рентгенологічних, лабораторних, клінічних досліджень та ін).
До звітної документації МСЦО відносяться: позачергові донесення, щоденні форми медичної звітності, а також періодичні медичні звіти по підпорядкованості у встановлені терміни.
