В даний час є багато експериментальних робіт з аутоаллергиі і вивчення її імунологічного механізму. Успіхи експериментів з відтворення аутоімунних захворювань у тварин пов'язані з застосуванням ад'юванта Фрейнда в якості стимулятора імунних реакцій.
При введення морським свинкам, собакам або мавпам екстракту мозкової тканини того ж виду або тварини у них через кілька днів розвиваються тяжкі неврологічні розлади у вигляді множинних паралічів. Симптоматика цих розладів нагадує таку при розсіяному склерозі у людини. Цей експериментально викликаний синдром був названий алергічним енцефаломієлітом. У експериментальних тварин при гістологічному дослідженні виявлені дисеміновані вогнища ураження нервової тканини з мононуклеарної інфільтрацією в кожному аксоне, особливо по ходу венул. Описані гістологічні зміни незворотні.
Використовуючи замість мозкової тканини тканина нирки, щитовидної залози, яєчника, за допомогою описаної вище методики можна викликати у тварини аутоаллергический тиреоїдит, нефрит або орхіт.
Дослідження показали, що ці захворювання мають імунний генез. В даний час вважають, що імунний фактор, відповідальний за виникнення аутоалергічних захворювань, складний: в деяких випадках вдається виявити циркулюючі гуморальні антитіла. Найчастіше має місце синергія алергії сповільненого та негайного типу з виникненням тканинних ушкоджень.