При всьому різноманітті клінічних проявів гострі енцефаліти мають ряд спільних рис, що дозволяють розпізнати энцефалитический процес.
Общеінфекціонние симптоми виражаються в підвищенні температури тіла, зміну морфологічного складу крові (лейкоцитоз, зсув формули вліво) і прискорення РОЕ, а також в інших загальних ознак інфекційного захворювання.
До загальномозкових симптомів, пов'язаних з дифузною запальною реакцією мозку (набряк, гіперемія, гіперсекреція спинномозкової рідини та ін), повинні бути віднесені порушення свідомості різного ступеня: від легкого сопору або загальмованості до коматозного стану. В інших випадках може спостерігатися збудження, марення, аментивной стан. Іноді відзначаються загальні епілептичні припадки, фасцикулярные або міоклонічні посмикування м'язів. У випадках важкого перебігу хвороби настає пригнічення сухожильних і періостальних рефлексів, може бути затримка сечовипускання. У фінальній стадії хвороби з'являються порушення дихання та серцевої діяльності.
Менінгеальні симптоми в тій чи іншій мірі майже завжди супроводжують гострого енцефаліту. До основним ознаками менінгоенцефаліту відносяться головний біль, нудота, блювота, загальна гіперестезія, в ранніх фазах хвороби - відносне уповільнення пульсу. Можуть виявлятися й інші об'єктивні симптоми ураження оболонок: ригідність потиличних м'язів, симптоми Керніга, Брудзинського, паралічі черепно-мозкових нервів. Вираженість менінгеальних симптомів може широко варіювати. При кліщових і комариних енцефалітах вони часто є головними в клінічній картині. Однак у випадках гострих енцефалітів, що протікають і без чітких клінічних ознак залучення оболонок, як правило, виявляються запальні зміни спинномозкової рідини (плеоцитоз, збільшення кількості білка, позитивні глобулінові реакції Панді і Нонне-Апельта).
Симптоми вогнищевого ураження мозку можуть бути досить різноманітні в залежності від локалізації вогнищ запального розм'якшення, набряку або інфільтрації мозкового речовини. Нерідко энцефалитические симптоми поєднуються з симптомами ураження спинного мозку (наприклад, при клещевом енцефаліті). До найбільш частих проявів вогнищевих уражень при енцефаліті належать парези і паралічі кінцівок центрального типу, інколи поєднуються з гемигипестезией, афазією або дизартрією; при легкому ступені ураження відзначається лише нерівномірність глибоких рефлексів і патологічні рефлекси (Бабінського, Россолімо, Бехтерева, Оппенгейма та ін). Іноді спостерігаються епілептичні припадки, як загальні, дак і часткові (за типом джексонівські епілепсії). Зрідка в гострому періоді енцефаліту виникають гіперкінези (хореический, хореоатетозный, миоклонический). У випадках стовбурової локалізації процесу поряд з центральними нарізами відзначаються диплопія, збіжний або косоокість, анізокорія, птоз, параліч погляду, порушення сну, ністагм, параліч лицьового нерва, запаморочення, порушення ковтання, фонації, артикуляції, дихання та серцевої діяльності. Іноді на перший план виступають тонічні судоми або стійка гіпертонія м'язів. Нерідкі також мозочкові симптоми.
Вираженість вогнищевих симптомів може бути різною, проте виявлення навіть стертих проявів органічного ураження мозку на тлі інфекційного захворювання і менингеальной реакції (запальні зміни спинномозкової рідини) дають вагомі підстави для діагнозу гострого енцефаліту.
Важливе значення в обгрунтуванні діагнозу мають епідеміологічні дані: перебування у вогнищі інфекції, контакт з інфекційними хворими, дані про укусах тварин, кліщів, про профілактичні щеплення та ін
У неясних випадках слід по можливості використовувати методи специфічної діагностики: реакцію зв'язування комплементу (РСК) у ранніх фазах хвороби (кліщові, комарині енцефаліти, орнитозы, грип та ін), реакцію нейтралізації вірусу (РН) з парними сироватками для ретроспективної діагностики (при вірусних енцефалітах), реакцію придушення гемаглютинації (РПГА), починаючи з першого тижня хвороби (кліщові, комарині енцефаліти). У деяких випадках можуть бути використані алергічні шкірні реакції (кліщові енцефаліти, орнитозы). Особливо велике значення ці методи набувають для діагностики стертих і атипових форм. У період епідемії діагноз енцефаліту може певною мірою ґрунтуватися на епідеміологічної зв'язку атипових і характерних форм хвороби. Проте достатню достовірність він набуває лише після підтвердження специфічними методами хоча б частини захворювань.
Велике значення для обґрунтування етіологічного діагнозу, особливо при вторинних енцефалітах, набувають вісцеральні порушення, наприклад ураження серця при ревматизмі, привушних слинних залоз при серозних менінгітах, екзантеми при дитячих інфекційних захворюваннях і ін
Нерідко навіть при використанні всіх можливостей діагностики не вдається визначити етіологічну природу процесу.
У таких випадках доводиться обмежитися синдромным діагнозом гострого енцефаліту, менінгоенцефаліту або енцефаломієліту.