Диференціальний діагноз ентеропатії типу спру (непереносимості рослинного білка) з викликаної прийомом молока гастроэнтеропатией дуже важкий. Обидва захворювання характеризуються порушенням всмоктування, стеатореєю, гіпопротеїнемією, мікроцитарної гіпохромною анемією, затримкою росту і змінами слизової оболонки кишечника [21]. Преципитины до молочних білків виявляють при обох захворюваннях [22, 23]. Клінічні прояви ентеропатії типу спру розвиваються після споживання певного критичного кількості рослинного білка (пшеничної клейковини), яке варіює в досить широких межах у різних людей. Кількість прийнятого коров'ячого молока, яке може призвести до розвитку синдрому, що нагадує энтеропатию типу спру, також різний і залежить від індивідуальних особливостей хворого. Діагноз обох захворювань заснований на виявленні згладженої слизової оболонки тонкої кишки і вираженому поліпшенні стану хворого та гістологічної картини після виключення з їжі рослинного білка або молока. Дані багатьох авторів свідчать про те, що у хворих з алергією до молока досить часто згодом розвивається ентеропатія [24 - 27]; у цих роботах ще раз підкреслюється подібність патогенезу цих двох захворювань.