У 17 столітті зміцнилося Московська держава, міцніла його армія. Призначення в полки лікарів, комплектування і розсилка по полицях скриньки з медикаментами тощо покладалися на «Аптекарський наказ», що виник спочатку (в кінці 16 століття) як придворна аптекарської «палати», «хати». При ньому в 1654 р. були відкриті військово-лекарская школа і школа костоправного справи, що існували кілька років. Були відкриті аптеки для цивільного населення у Москві, Новгороді, Пскові, Казані, Курську та ін. (придворна аптека існувала в Москві з 1581 р.). У 1682 р. був виданий указ про відкриття в Москві двох «шпитален»; призначенням їх було не тільки лікування хворих, але і підвищення знань молодих лікарів: «II у того справи молодим дохтурам не мала користь, і в науці своїй изощрение...»
Швидкому зростанню науки, зокрема медицини, сприяла відсутність в Росії пережитків схоластики, тормозивших і що ускладнювали розвиток науки в західноєвропейських країнах.
У роки правління Петра I талановиті молоді люди були направлені в закордонні університети і академії для здобуття вищої медичної освіти. Серед них був і П. В. Постніков, отримав диплом в Падуї в 1694 р.
До найважливіших перетворень у медичній справі, здійсненим при Петрі I, відносяться створення «генеральних госпіталів» і початок підготовки в спеціальних школах при цих госпіталях вітчизняних лікарів з практичним навчанням біля ліжка хворого. Перша госпітальна школа була створена в 1707 р. при Московському генеральному госпіталі (нині Головний військовий госпіталь ім. Н. Н. Бурденка). З госпітальних шкіл вийшло чимало видатних вітчизняних медиків - практиків і учених. Центром медичної науки спочатку була Академія наук, у складі якої працювали медики (А. П. Протасов, І. в. Лепьохін, Н. Я. Озерецковский та ін), потім Московський університет, заснований за ініціативою М. в. Ломоносова в 1755 р.; медичний факультет у його складі був відкритий в 1764 р.
Великий вчений-енциклопедист М. в. Ломоносов (1711 -1765) серед своїх різноманітних занять приділяв увагу також питань фізіології і медицини. Свої пропозиції щодо поліпшення медичної справи в країні М. В. Ломоносов виклав у листі «Про розмноження і збереження російського народу» (1761). В першу чергу він вважав за необхідне збільшення числа лікарів та повивальних бабок, поліпшення їх підготовки, пристрій лікарень і аптек, боротьбу із шкідливими для здоров'я звичаями, особливо призводять до високої смертності новонароджених. Він бичував багато церковні обряди (хрещення в холодній воді, пости, розговіння та ін), іменуючи попов «душегубцами». В області науки М. В. Ломоносов наполягав на необхідності достовірних знань, одержуваних у результаті «...надійних і багато разів повторених дослідів».
Передові російські лікарі другої половини 18 століття були учнями чи послідовниками М. в. Ломоносова. Вони висували ті ж нагальні суспільно-медичні завдання (боротьба з епідеміями, високою дитячою смертністю, поліпшення підготовки вітчизняних медиків, повивальних бабок) і самовіддано брали участь у їх вирішенні. У науковій сфері вони були представниками найбільш передових для свого часу погляди.
Першим російським професором медичного факультету Московського університету (з 1768 р.) був Ц. Р. Зибелін (1735 - 1802). Серед що викладалися їм предметів головне місце займали внутрішні та дитячі хвороби. С. Р. Зибелін розвинув вчення про індивідуальний підхід до хворого. Це положення стало надалі цінного традицією медичної науки і практики в Росії. Свої публічні виступи Ц. Р. Зибелін також присвячував високої захворюваності та смертності дітей раннього віку, правильному вигодовуванню. Ця тематика представляла відгук на запити тодішньої російської дійсності.
Н. М. Максимович-Амбодик (1744 - 1812) присвятив свою діяльність у першу чергу підготовці повивальних бабок, поліпшенню акушерської допомоги в країні. Його капітальна праця «Мистецтво повивания, або наука о бабичьем деле» (1784-1786) з'явився першим в Росії керівництвом по допомозі в пологах. Крім того, Н. М. Максимович-Амбодик успішно працював у галузі лекарствоведения і медичної ботаніки, опублікувавши велика праця «Лікарське веществословие чи опис цілющих рослин» (1783-1788), анатомо-фізіологічний і ботанічний словники і ряд перекладів. Діяльність його може служити прикладом різнобічної освіченості наших видатних лікарів 18 століття, їх благородного служіння країні.
Цими ж рисами відзначалася діяльність Д. С. Самойловича (1744-1805), присвячена головним чином боротьбі з чумою. У 70-х роках спустошила чума Москви; в ліквідації епідемії самовіддано брали участь Самойлович, Зибелін і інші російські лікарі. Д. С. Самойлович в роботах, заснованих на великому досвіді, накопиченому в різних місцевостях країни, заперечував проти поширеного тоді вчення про «миазмах», нібито разносящих хвороба по повітрю, і наполягав на контагіозний її характері. Дотримуючись методу Ломоносова, він проводив «самоточнейшие випробування». Самойлович запропонував робити щеплення чуми медичному персоналу за типом вариоляции. Він засуджував поширене тоді випалювання уражених чумою населених місць, тривалу ізоляцію великих територій і вимагав ведення боротьби з епідемією гуманними методами: «...жителів не обеспокоивая нижче наималейше». Д. С. Самойловича було обрано членом 12 академій різних країн, але на батьківщині довгий час був майже забутий. У цьому позначилося «засилля чужинців» в керівних установах країни, проти якого боролися М. В. Ломоносов і передові російські лікарі. Всіх їх характеризує самовіддана робота «для користі загальнонародної» (вираз Самойловича) і прогресивні для 18 століття наукові погляди.
Серед видатних вчених-лікарів того часу можна назвати К. І. Щепіна, першого викладача хірургії російською мовою; А. М. Шумлянського, описав мікроскопічну будову нирки; М. М. Тереховський, опровергнувшего в експерименті мимовільне зародження, і ряд інших.
Передові риси були притаманні в 18 столітті не тільки окремим вченим, але і строю лікувальних закладів країни в цілому. «Генеральний регламент про госпіталях» (1735) передбачав розтин померлих у госпіталях. Важливою рисою було очолення лікувального закладу лікарем. Лікарське керівництво лікувальним закладом не було тоді правилом в інших країнах: нерідко лікарню очолював інтендант, піклувальник, а лікар підкорявся їм; військові госпіталі часто очолювалися стройовими офіцерами. Це ж мало місце в Росії пізніше, в роки аракчеєвщини і миколаївської реакції. Медичне справа в Росії в 18 столітті вигідно відрізняли також більша, ніж в інших країнах, застосування вариоляции (щеплення натуральної віспи), організація «оспенных будинків», видання докладних інструкцій і описів щеплень.
Число лікарів в Росії з 150 (переважно іноземцев) на початку 18 століття зросло до кінця століття до 1500 (переважно уродженців Росії). З них трохи більше половини перебувало на цивільній службі, решта - в армії і флоті. Число військових госпіталів зросла з 1 до 20. Лікарі були зосереджені майже виключно у великих містах і місцях стоянок військ; це абсолютно не відповідало потребам країни. Незважаючи на зростання абсолютного числа лікарів, сільське населення було практично позбавлене медичної допомоги.
У 19 столітті вітчизняна медична наука, розвиваючись у тісному зв'язку і взаємодії з усією світовою медициною, зайняла в ній у багатьох розділах передове місце.
Велике значення мала діяльність центрів медичної освіти, що були одночасно науковими центрами. Після Московського університету була заснована в 1798 р. Петербурзька медико-хірургічна академія (з 1881 р. - Військово-медична) з відділенням в Москві (злитим у 1844 р. з медичним факультетом Московського ун-та). За цим послідувало відкриття університетів з медичними факультетами: Дерите (нині Тарту) - у 1802 р., Вільні (нині Вільнюс) - у 1803 р., Казані - у 1804 р., Харкові - в 1805 р., Києві - університету в 1834 р., медичного факультету - в 1841 р. і ін
