Велике значення в діагностиці має алергологічний анамнез. З'ясовується наявність у сім'ї, у батьків, родичів таких захворювань, як бронхіальна астма, екзема, кропив'янка і ін, а також зв'язок алергічних проявів з харчовими продуктами, медикаментами. Має значення характер вигодовування на першому році життя. З'ясовуються терміни введення штучних видів вигодовування, соків, реакції на їх введення.
Необхідно ретельно з'ясувати весь раціон хворого в дні, що передували алергічної реакції, і всі обставини її виникнення. Хворому рекомендується вести так званий харчовий щоденник, в який ретельно записуються день і час прийому їжі, її склад і кількість (сніданок, обід, полуденок, вечеря), якість, спосіб кулінарної обробки. В окремій графі описуються зміни в загальному стані, поява алергічних симптомів (свербіж шкіри, висипання, нудота, болі в животі, задишка, утруднене дихання тощо). Харчовий щоденник слід вести не менше 2-3 тижнів.
Елімінаційних проби полягають у тому, що з дієти хворого виключається підозрюваний алерген. Необхідно виняток підозрюваного алергену на 7-12 днів. При цьому прояви харчової алергії слабшають або зникають.
За стихання проявів харчової алергії почергово вводять раніше виключені продукти. Якщо знову виникають клінічні прояви, то можна вважати введений продукт причинно-значущим алергеном.
Провокаційні проби полягають у тому, що хворому вводять невелику кількість підозрюваного харчового алергену (частіше під язик) і стежать за його станом, до і після тесту проводять полоскательную пробу з визначенням інгібіції міграції лейкоцитів, визначенням тромбо - і лейкопенического індексу. Провокаційні тести можуть проводитися лише підготовленими алергологами, бажано в умовах стаціонару або оснащеного алергологічного кабінету. Тим хворим, у яких в анамнезі є вказівки на анафілактичні реакції, проводити провокаційні проби не можна. Шкірні проби з харчовими алергенами широко поширені. Для їх проведення у даний час застосовують стандартні харчові алергени, однак допустимо використовувати натуральні алергени, наприклад натуральні фруктові соки, для постановки скаріфікаціонних проб. Нерідко при харчовій алергії не вдається виявити сенсибілізацію методом шкірних проб у зв'язку з тим, що підвищена чутливість розвивається не до цілісного продукту, а до окремих частин його, що утворюється в процесі розщеплення і перетравлення продукту в організмі.
Для діагностики харчової алергії використовуються також клітинні тести, такі, як тест дегрануляції базофільних лейкоцитів і тест дегрануляції тучних клітин, тест специфічної либерации гістаміну лейкоцитами, реакція гемаглютинації. Вищевказані тести вважаються допоміжними. Вельми корисні в діагностиці радиоиммуносорбентный, імуноферментний методи та PACT, що дозволяють встановити не тільки наявність алергії, але і причинно-значущі алергени. У деяких клініках для їх виявлення використовують електрогастрографія після прийому харчового алергену. Окремі дослідники використовують метод аспіраційної біопсії слизової оболонки шлунка після навантаження передбачуваним алергеном. Однак широкого поширення ці методи не отримали.
В цілому для встановлення етіології харчової алергії обов'язково проведення комплексного обстеження хворого з використанням 2-3 методів спеціальної (алергологічної) діагностики та їх зіставлення з анамнестичними даними та клінічною картиною захворювання.