Основною причиною великих втрат лабораторних тварин є інфекційні захворювання, на профілактику яких має бути звернуто особливу увагу.
Обслуговуючий персонал віварію повинен бути забезпечений спецодягом і спецвзуттям, рушниками, милом, дезінфікуючими розчинами, аптечкою і дотримувати особисту гігієну. В кожній кімнаті, де утримуються тварини, і в підсобних приміщеннях знаходиться свій інвентар, який періодично миють і дезінфікують. Інвентар клітини (посуд для корму, води) не можна переставляти з однієї клітини в іншу і тим більше з одного приміщення в інше (наприклад, з карантинного відділення в основний). Персонал віварію періодично (1-2 рази на рік) проходить медичний огляд, так як бациллоносійство деяких інфекцій людини може послужити причиною захворювань тварин.
Біля входу в основне, карантинне відділення та інші приміщення віварію, що мають відношення до догляду за тваринами, стелять килимок, змочений дезінфікуючим розчином: хлорним вапном, хлораміном, фенолом, крезолом або ін.
Клітини поряд з поточною дезінфекцією 1-2 рази в місяць піддають профілактичній дезінфекції. Зазвичай клітини дрібних лабораторних тварин в кімнаті санітарної обробки віварію миють гарячою водою, пропалюють полум'ям паяльної лампи або газового пальника, обробляють хлорним вапном, або іншим дезинфікуючим розчином. Стаціонарні клітини тварин, наприклад собак, піддають такій самій обробці; тварин на час обробки переводять в інше приміщення.
Важливо не допускати потрапляння диких гризунів, мух, бліх, кліщів в основні і підсобні приміщення віварію і особливо в комори для корму. З метою дератизації зазвичай застосовують ДДТ, 7% гексахлоран, солі миш'яку, фтору, синильної кислоти, крысид, зоокумарин і т. д.
Щоквартально проводять профілактичну дезінфекцію всіх приміщень віварію, виконуючи побілку стіни, стелі з додаванням розчинів хлорного вапна, їдкого натру.
Корм тварин повинен доставлятися з господарств, благополучних щодо інфекцій (наприклад, молоко по бруцельозу і туберкульозу тощо). Умови зберігання його в віварії повинні виключити попадання збудників інфекцій. Крупи, зерно, як правило, піддають обробці гарячою парою або прожарюють протягом 15 хвилин. Для попередження епізоотії у віварії необхідно ізолювати хворих або підозрілих на захворювання тварин в бокс-ізолятор. Трупи загиблих тварин спалюють у крематорії.
