Найбільший внесок у вітчизняну і світову анатомію вніс Н. І. Пирогов (1810-1881). В його анатомічних роботах (як і в патологічних і клінічних, з хірургії - див. нижче) знайшло найбільш повне вираження експериментально-фізіологічне напрямок, характерне для передових вчених того часу. Н. В. Пироговим створена нова галузь - хірургічна (топографічна) анатомія. В Дерптському (нині Тартуському) ун-ті, старому науковому центрі Прибалтики, де Пирогів по закінченні Московського ун-ту готувався до професури, їм була написана «Хірургічна анатомія артеріальних стовбурів і фасцій» (1837). Надалі, працюючи в Петербурзькій медико-хірургічній академії, Н. І. Пирогов опублікував кілька атласів (1851-1859), що містили зображення органів у головних порожнинах людського тіла і розпилів замороженого тіла в трьох напрямках. Основним завданням цих робіт Пирогов вважав дати зображення та препарати, можливо більш близькі до прижиттєвого станом.
Після Н. І. Пирогова видатним анатомом був П.В. Рудановський (1829-1888)- лікар Нижньотагільського заводу на Уралі, автор нейрогистологических атласів (1868) і оригінальних методів приготування препаратів; за ці свої роботи уральський заводський лікар був обраний членом-кореспондентом Паризької академії. Д. Н. Зернов (1843 - 1917) написав «Керівництво описової анатомії людини», багаторазово переиздававшееся. Воно близько півстоліття було основним анатомічним посібником в Росії і СРСР. П. Ф. Лесгафт (1837 - 1909), анатом і видатний прогресивний громадський діяч, переслідувався царизмом, зв'язав анатомію з завданнями фізичного виховання, зокрема жінок.
Одночасно з нормальною анатомією розвивалася патологічна анатомія", початок якій було покладено класичною працею Морганьї (див. вище). Багато працював у галузі патологічної анатомії Н. І. Пирогов. В Дерпті і в Петербурзі він самовіддано розкривав померлих від холери, вперше що з'явилася в Європі, зовсім не вивченою тоді хвороби. За один 1848 р. він зробив близько 800 розтинів трупів померлих від холери, а в 1849 р. випустив атлас «Патологічна анатомія азіатської холери». В області патологічної анатомії плідно працювали також А. В. Полунін (1820-1888) і М. М. Руднєв (1837-1878).
Найвизначнішими представниками патологічної анатомії в 19 столітті були чеський учений К. Рокитанский (1804-1878) і німецький вчений Р. Вирхов (1821-1902). Обом належить заслуга впровадження нової дисципліни, використання для цього університетської кафедри, друку, трибуни з'їздів. Накопичення і систематизація матеріалу розтинів сприяли з'ясуванню і уточнення природи багатьох хвороб і виділення ряду нових форм, зміцненню прозекторській діяльності в лікарнях. Заслуга Рокитанского і Вирхова - також підготовка великої кількості патологоанатомів, науковців та практиків.
К. Рокитанский стояв на позиції єдності організму, вважав, що «місцева хвороба служить виразом передіснуючою загальної хвороби». Разом з тим він поділяв положення застарілої до 19 століття гуморальної патології, згідно з якою основною причиною хвороби є ненормальний стан рідких середовищ організму («псування соків, дискразия»).
Вирхов зайняв у цьому питанні іншу, більш для того часу правильну і науково прогресивну позицію, виходячи з відкритого в першій половині 19 століття клітинної будови організмів. Розробка Вирховом так званої целлюлярной (клітинної) патології, спростування з позицій нових відкриттів у природознавстві застарілих гуморальних поглядів - явище науково закономірне і позитивне. Але, застосувавши та односторонньо розвинувши в патології нові наукові уявлення, Вирхов довів їх до крайності, стверджуючи, що «вся патологія є патологія клітини». Хвороба зводилася їм до патологічного зміни певної частини тіла, в кінцевому підсумку - клітини або групи клітин. При цьому неминуче відсувалися на задній план або зовсім випадали з поля зору лікарів впливу локальних, місцевих змін на інші частини організму, а також хвороби, що вражають організм у цілому (наприклад, розлади обміну речовин та ін). Ф. Енгельс в «Анти-Дюринге» писав про клітинної патології, що Вирхов розклав «...єдність клітинного індивіда на федерацію клітинних держав». Таким чином, природничо-наукові основи, на яких будувалося вчення Вирхова,- патологічна анатомія і клітинне вчення були історично прогресивними, але у вченні Вирхова були істотно помилкові боку, посилені і загострені його численними послідовниками. У другій половині 19 - початку 20 століття вчення Вирхова мав значне поширення і вплив.
