Шотландський кліщовий енцефаліт важко відмежувати від двохвильового менінгоенцефаліту. Багато авторів ототожнюють кліщовий енцефаліт Середньої та Північної Європи, а також західних районів СРСР (Білорусь) з шотландським енцефалітом. У випадках лабораторних заражень і одиничних захворювань людей в ензоотичних осередках вони також протікали з двохвильовий лихоманкою і менінгеальними симптомами. В інших випадках спостерігалися мозочкові розлади, церебральні микросимптомы, паралічі черепно-мозкових нервів, ніколи не виникало полиомиелитических парезів. Прогноз загалом сприятливий, іноді відновлення мозочкових функцій може затягнутися на місяці. Летальних випадків та прогредиентного течії не спостерігається.
