Біопсія може бути проведена наступними методами. 1. Висічення-яким хірургічним інструментом шматочка тканини або органу
у розмірах, що визначаються топографією поразки, його клінічним характером і т. п. Бажано висічення тканини не тільки з ураженої ділянки, але і з прикордонної зони здорової тканини. Неприпустимо ділити посічений шматочок на частини і посилати кожну з них для дослідження в різні лабораторії, так як в різних ділянках биопспрованной тканини характер процесу може виявитися неоднорідним. 2. Зняття за допомогою скальпеля або шпателя поверхневих шарів ділянки ураження (поверхнева біопсія); отриманий зішкріб наносять на скло і в подальшому фіксують і фарбують або обробляють за загальними правилами гістологічної техніки (див.). До поверхневої біопсії можна віднести і зняття шару слизової оболонки з порожнинних органів, зокрема кюретаж порожнини матки. Великі частинки мазків слизової оболонки матки фіксують і досліджують за загальними правилами гістологічної техніки. 3. Пункція, або аспірація (пункційна, аспіраційна біопсія), найбільш широко застосовується при діагностиці уражень кровотворних органів (пункція кісткового мозку, лімфатичних вузлів, селезінки), а також печінки, пухлин органів, доступних для пункції, міокарда, нирок. Для цієї мети використовують звичайні або спеціальні порожнисті голки, що сполучаються зі шприцом, за допомогою якого насасывают дрібні частинки відповідних тканин (див. Цитологічна діагностика). Аспіраційний метод застосовують також для гісто - та цитологічного дослідження вмісту бронхів, шлунка, хоча це і не є біопсією у звичайному розумінні цього поняття. 4. Відрив частинок слизової оболонки і патологічних ділянок її за допомогою спеціальних приладів (эзофагоскоп, бронхоскоп, уретроскоп, гастроскоп) з наступним гістологічним дослідженням.
При дослідженні матеріалів біопсії частіше застосовують оглядові гістологічні і цитологічні методи. Проте для точності діагнозу необхідно розширення методичних прийомів (забарвлення ліпідів, імпрегнація сріблом ретикулиновых, нервових волокон і ін). Найбільші труднощі становить диференційна гістологічна діагностика гіперпластичних та пухлинних процесів. Розширення вимог і точної ідентифікації процесу у зв'язку з розширенням і поглибленням диференціації уявлень про суть багатьох патологічних станів іноді вимагає від дослідника відомої спеціалізації в області приватної патології (патологія жіночої статевої сфери, кровотворних органів, нервової системи).
При діагностичної біопсії істотно важливі максимальна швидкість дослідження і висновки, для чого застосовують прискорені методи обробки (приготування заморожених гістологічних зрізів, експрес-заливка в целлоидин і парафін тощо). Якщо висновок про гістологічної ідентифікації процесу необхідно отримати протягом операції для визначення характеру й обсягу хірургічного втручання (часткова резекція молочної залози або радикальна мастектомія і ін), вдаються до експрес-діагностичної методикою (цитодиагностика, від cito - скоро). Звичайним прийомом в цих випадках є фіксація матеріалу для дослідження в підігріваються на спиртівці формаліні протягом 3-4 хв. з подальшим виготовленням заморожених зрізів і забарвленням їх.