Діагноз тріхомоноза встановлюється на підставі клінічних проявів, анамнестичних даних (включаючи конфронтації) і лабораторних досліджень. Мікробіологічний діагноз служить підтвердженням клінічного, крім того, він відіграє важливу роль при обстеженні видужуючих і особливо тріхомонадорозношувача. Виявлення трихомонад, особливо у чоловіків, пов'язане з певними труднощами. Це залежить від того, що умови життєдіяльності паразитів в уретрі чоловіків менш сприятливі, ніж у піхву жінок. Вагінальна трихомонада у чоловіків часто зустрічається в нерухомій формі (без джгутиків), а ті, які зберігають свої джгутики, бувають менш рухливі, ніж у вагінальному секреті.
Основним методом лабораторної діагностики тріхомоноза є мікроскопічний метод. Для підвищення якості мікробіологічної діагностики дотримуються наступні умови: 1) проводиться дослідження не одного, а цілого комплексу лабораторних об'єктів (сеча, секрети залоз і ін); 2) микроскопирование нативних препаратів проводиться негайно; 3) перед взяттям матеріалу для лабораторних аналізів всякі лікувальні процедури скасовуються.
Знаходження трихомонад в уретральних виділеннях у чоловіків багато в чому залежить від правильного взяття і приготування мазка. При грубому размазывании мазка на предметному склі з-за малої еластичності паразитів порушується їх структура. У товстих мазках трихомонади, перебуваючи в тісному контакті з лейкоцитами, можуть втрачати свою звичайну форму, що ускладнює розпізнавання їх у нативному препараті. Найменше збільшення концентрації хлористого натрію в розчині або охолодження останнього нижче нормальної температури людського організму негативно впливає на рухливість трихомонад в мазку. Форма трихомонад може змінюватися і під впливом різних медикаментів, що також утрудняє розпізнавання їх.
Ю. X. Терас (1954), І. в. Ільїн (1962) та інші вказують на труднощі знаходження трихомонад в початкових стадіях захворювання. Нелегко визначити рухливість трихомонад і в пізніх стадіях захворювання (Ст. Н. Малиновський, 1960). Всі ці фактори повинні враховуватися при лабораторної діагностики тріхомоноза.