Збудником даної пневмонії є представник одноклітинних паразитів Pneumocystis Carini. У природі він широко поширений серед домашніх тварин, пацюків і мишей. Зустрічаються випадки латентного (прихованого) (інфікування серед дорослого населення.
Пневмоцистна пневмонія в основному вражає недоношених і дітей з вираженою гіпотрофією. Зустрічається вона відносно рідко. Захворювання дуже контагиозне. При несвоєчасному виведенні з палати хворого дитини пневмонія розвивається у контактних дітей, і у відділенні може виникнути спалах.
Інкубаційний період триває від 10 днів до 10 тижнів, в середньому близько місяця. Захворювання розвивається поступово. Діти стають млявими, з'являється прискорене дихання і невеликий ціаноз. У розпал хвороби клінічна картина досить характерна. Впадає в очі різка дихальна недостатність, число дихань в межах 100-120 в хвилину, відзначається виражене втягнення міжреберних проміжків та епігастральній області. Шкірні покриви землисто-сірого кольору. Виражений ціаноз, який не завжди зникає навіть при дачі кисню. Дитині явно не вистачає повітря, він задихається. В легких, як правило, хрипи не вислуховуються. Майже завжди відзначається збільшення печінки і селезінки.
Виражена киснева недостатність пояснюється тим, що запальний процес при даній формі пневмонії в основному розвивається в міжальвеолярних перегородках. Це в значній мірі утрудняє нормальний газообмін між повітрям в альвеолах і кров'ю. Крім того, за даними Ировеца, Pneumocystis Carini здебільшого заповнюють майже всі альвеоли і бронхіоли, перешкоджаючи надходженню повітря.
Прогноз при пневмоцистных пневмоніях здебільшого несприятливий.