Існують два способи апендектомії: кисетний і лигатурный. При використанні кисетного способу після відділення брижі відростка сестра подає шовкову лігатуру на круглій голки для накладання кисетного шва або використовують атравматичні круглу голку. Послідовність маніпуляції хірурга наступна: затискачем Кохера притискають на один клацання замка червоподібний відросток біля основи. Потім кетгутовой перев'язують лігатурою відросток у місці борозни, залишеної браншамі затискач Кохера. Вище цього місця приблизно на 1 см знову накладають затискач Кохера. У цей момент сестра готує скальпель і невеликого розміру тампон, змочений у 5 % розчині йоду. Рясно змочувати тампон в розчині йоду не слід, так як попадання розчину йоду на серозну оболонку купола сліпої кишки може викликати згодом запалення і утворення спайок. Анатомічний пінцет подають асистентові. Він захоплює їм відросток у підстави місці кетгутовой лігатури. Оперуючий хірург скальпелем відсікають відросток між кетгутовой лігатурою і затискачем Кохера (скальпель відкладають і їм більше не користуються під час цієї операції), відросток видаляють, обробляють куксу розчином йоду, а залишок йоду видаляють марлевим кулькою. Потім асистент занурює куксу в просвіт купола сліпої кишки, а хірург зав'язує над нею провизорно раніше накладений кисетний шов. Пінцет, яким асистент занурював куксу відростка, також відкладають і більше їм не користуються. Після цього сестра подає хірургу голкотримач з круглою голкою (шовк, капрон) для накладання z-подібного шва. Як тільки він накладено, подають хірурга ножиці, він зрізає спочатку нитки раніше зав'язаної лігатури кисетного шва, які використовувалися як держалки, зав'язує z-подібний шов.
При лигатурном способі, після того як відросток відділений від брижі та накладено на підставу відростка затискач Кохера (на один клацання замку) для легкого здавлювання стінок і освіти борозни від його браншей, на місце цієї борозни накладають шовкову лігатуру (шовк № 4-5), яку зав'язують. Відросток видаляють і куксу обробляють, як і при кисетном способі, але кисетного шва не накладають і куксу відростка у купол сліпої кишки не занурюють. У дітей до 1 року шовкову лігатуру біля основи відростка накладають без попереднього стиснення його затискачем Кохера.
Прибирають серветки, відмежовує купол сліпої кишки від черевної порожнини. Асистентові знову подають гачки Фарабефа, які він вводить в рану і піднімає всю черевну стінку, а хірурга - зонд Кохера, з допомогою якого він вправляє купол сліпої кишки в черевну порожнину. До моменту вправляння купола сліпої кишки в черевну порожнину має бути приготовлено два - три тупфера, якими хірург перевіряє, немає чи в малому тазі рідини.
У разі необхідності проводять дренування черевної порожнини. Методика дренування наведена раніше.
На етапі ушивання очеревини можуть згодитися декілька затискачів Більрота або Микулича, якими додатково захоплюють краї очеревини. Очеревину вшивають безперервним кетгутовим швом. З цього моменту хірурга зручно користуватися лапчастий пінцетом. Видаляють серветки, отграничивавшие очеревину від м'яких тканин. М'язи, як правило, зшиваються разом окремими кетгутовими швами на ріжучій голці. Зазвичай буває достатньо 3-4 швів. Послідовність подачі інструментів хірурга наступна: лапчатая пінцет - в ліву руку, голкотримач - в праву руку, ножиці - в праву руку, лапчатая пінцет - в ліву руку і т. д. На апоневроз - капронові або шовкові вузлові шви. У середньому число таких швів близько 6. Підшкірний жировий шар і шкіру ушивають за загальними правилами.