Своєрідність клінічної картини первинного афекту визначається патологоанатомічним будовою твердого шанкра. Не можна зрозуміти клініки первинного афекту, не знаючи його патологоанатомічного будови і розвитку. Бліді трепонеми проникають через епідерміс в дерму, де і розвиваються основні патологічні зміни. На кроликах показано, що вже через 2 дні бліді трепонеми у вигляді сигароподібний скупчень впроваджуються в тканини в окружності місця щеплень. Вони виявляються в лімфатичних щілинах, клітинах ендотелію, в периваскулярных просторах. Бліді трепонеми, як правило, розташовуються між клітинами і волокнами. Реакція починається з легкого набряку; збільшення розміру та кількості сполучнотканинних клітин; дуже рано виникає новоутворення капілярів. Інфільтрація лімфоцитами і плазматичними клітинами являє собою більш пізню стадію. Інфільтрат цей спочатку відзначається уздовж судин. У свіжих шанкрах переважають лімфоцити; при тривалому існуванні шанкра число плазматичних клітин зростає. У розвиненому стані в центрі первинного склерозу є рясне скупчення клітин інфільтрату, що складається з гістіоцитів, лімфоцитів і епітеліоїдних клітин. В більш пізніх періодах можливо також поява гігантських клітин. В тканині шанкра утворюється багато нових капілярів. Стінки судин різко змінені; ендотелій набряклий, оболонки потовщені. Судини нерідко облитерируются. Розвиваються ендо-, мезо-, периартерииты, флебіти, лимфангоиты. Сполучна тканина гиперплазирована.
Зміни в епідермісі виникають як вторинні явища. З'являється міжклітинний набряк, проліферація клітин епідермісу, спонгиоз, паракератоз. При розпаді шанкра можуть утворюватися дефекти тканини більшої або меншої величини - ерозії і виразки. При зворотному розвитку інфільтрат розсмоктується, заміщується рубцевою тканиною і розвивається більший або менший рубець, іноді мікроскопічний. У випадках поверхнево розташованих ерозивних шанкрів і цей мікроскопічний рубець може бути відсутнім, особливо при ранньому лікуванні.
Клініко-морфологічна картина твердого шанкра може бути різноманітною. Вона визначається як загальним станом організму (реакція тканин), так і анатомічними особливостями на місці проникнення інфекції.
Вік, загальне виснаження хворого можуть спричинити несприятливий перебіг інфекції, розвиток атипових, важко протікають сифилом. Ще в минулому столітті Бассро (Basserau) говорив, що «шанкр - пробний камінь стану організму». Загальновідомо погане протягом шанкрів у алкоголіків - «винно-фагеденический шанкр».
На клініку і морфологію шанкра впливає і локалізація. Шанкри мигдалин мають один вид, шанкри мови - інший; своєрідні шанкри нігтьової фаланги пальців рук. Шанкри заднього проходу часто розвиваються з лінійних радіальних порушень цілості епідермісу, симулюючи тріщину близько заднього проходу. Шанкр нерідко повторює обриси того, порушення цілості тканини, з якого він розвинувся.
