Клінічні прояви харчової алергії досить різноманітні і найчастіше залежать від того, який орган або система органів послужили місцем взаємодії харчового алергену з антитілом. Часті прояви харчової алергії у вигляді болів у животі, диспепсичних явищ (нудота, блювота, рідкий стілець), дисфункції кишечника, шлунка, жовчного міхура. Поширені шкірні алергічні реакції, такі як уртикарний висипання (кропив'янка), набряки, екзема, нейродерміт. Можливі респіраторні прояви харчової алергії у вигляді риніту, трахеїту, астматичного бронхіту, бронхіальної астми.
Описані випадки анафілактичного шоку, пов'язані з сенсибілізацією харчовими алергенами. Зустрічаються лейкопенические, тромбопенические реакції. Можуть поєднуватися реакції різних систем і органів. Нерідко у хворих з харчовою алергією спостерігаються головні болі, слабкість, різко виражені стомлюваність і дратівливість. Сенсибілізація харчовими алергенами може сприяти зростанню аденоїдної тканини, гіпертрофії мигдаликів.
Найбільше значення харчова алергія має для дітей раннього віку, особливо першого року життя.
Алергія до коров'ячого молока може бути дуже ранній - з перших місяців життя. Клінічно у таких дітей відзначаються рецидивуючі попрілості, себорея, різного характеру висипання на шкірі, зміни слизових оболонок, нестійкий стілець. Виражену схильність дітей першого року життя до харчової алергії пояснюється віковими особливостями травних органів, тим, що епітелій кишечника у них більш проникний і деякі складові частини їжі можуть легко проходити через нього недостатньо розщепленими, що зберегли алергенні властивості. У них також виявляється знижена активність ферментів шлункового соку, підшлункової залози. Тому дитина першого півріччя пристосований до вигодовування лише жіночим молоком. Ранній догодовування і штучне вигодовування часто призводять до розвитку харчової алергії, особливо у дітей зі спадковою обтяженістю алергічними захворюваннями та проявами алергічного діатезу. Повсюдне поширення штучного вигодовування, раннє введення сумішей, приготованих з коров'ячого молока, є однією з причин швидкого наростання рівня сенсибілізації до харчових алергенів.
Сприяють розвитку сенсибілізації харчовими алергенами кишкові інфекції, порушення функції шлунково-кишкового тракту, які призводять до порушення всмоктування; певну роль відіграє недостатність продукції секреторного IgA кишечника, що є захисним фактором.
У більшості хворих виявляється сенсибілізація не тільки харчовим, а й до інших алергенів. Так, харчова алергія може поєднуватися з лікарської, побутовий (домашній пил, пух, перо, шерсть тварин), пилкової (пилок дерев і трав) і грибкової.
При поєднаної сенсибілізації картина захворювання зазвичай збільшується і ускладнюється, з'являються нові алергенні для хворого продукти. Так, у хворих з алергією до ацетилсаліцилової кислоти, амідопірину відзначається підвищена чутливість до персикам, абрикосам, сливі, вишні, тобто до продуктів, що містять саліцилову кислоту. При алергії до пилку дерев, як вже згадувалося, є підвищена чутливість до яблук, при алергії до травам (лебеді та ін) - до меду та винограду. При поєднанні з грибковою алергією загострення захворювання наступають при вживанні в їжу продуктів, що містять гриби (сири, кефір, дріжджі).