У зв'язку з необхідністю подальшого розвитку соціальних проблем щодо зниження захворюваності населення на туберкульоз більшість дитячих санаторіїв в ті роки було призначене для цього контингенту хворих дітей.
Велика Вітчизняна війна призупинила подальший розвиток мережі дитячих санаторіїв. Переважна більшість їх було закрито, в ряді оздоровниць були розгорнуті эвакогоспитали і госпіталі-санаторії для лікування поранених і хворих бійців. Багато дитячі санаторії, розташовані в районах окупації, були зруйновані. Однак ще до закінчення війни на звільнених територіях почалося інтенсивне відновлення дитячих санаторіїв, їх оснащення та додаткове обладнання. У результаті цього вже в 1945 р. в СРСР налічувалося 724 дитячих санаторію на 62 тис. ліжок, в тому числі 117 санаторіїв на 4500 ліжок були відкриті за рахунок відрахувань колгоспів.
Четвертим п'ятирічним планом відбудови та розвитку народного господарства СРСР на 1946-1950 рр. було передбачено повне відновлення мережі курортів, санаторіїв, будинків відпочинку, зруйнованих у роки війни, а також освоєння нових курортних місцевостей.
Виняткову увагу і піклування Комуністичної партії і Радянського уряду до потреб охорони здоров'я, трудовий подвиг народу дозволили успішно подолати труднощі післявоєнного періоду. Вже до 1950 р. число місць в дитячих санаторіях досягло довоєнного рівня і склало 95 тис.
У 50-60-ті роки було видано низку важливих директивних документів, спрямованих на впорядкування та поліпшення діяльності дитячих санаторіїв. У цих закладах було організовано шкільне навчання. Було також вирішено ряд питань по роботі обслуговуючого персоналу в дитячих санаторіях. Міністерство охорони здоров'я СРСР затвердив 9 жовтня 1954 р. «Штатні нормативи медичного, педагогічного персоналу і працівників кухонь дитячих санаторіїв».
Наказом Міністерства охорони здоров'я СРСР від 6 жовтня 1951 р. № 878 «Про заходи по подальшому поліпшенню санаторної допомоги дітям» були затверджені наступні медичні профілі дитячих санаторіїв: хворих на кістковий туберкульоз; активними формами туберкульозу; затихающими формами туберкульозу; реконвалесцентів після туберкульозного менінгіту; хворих на ревматизм; для дітей з наслідками поліомієліту; хворих шлунково-кишковими захворюваннями; психоневрологічного профілю; загальтерапевтичні; для дітей, які страждають рахітом.
Профілі дитячих санаторіїв наочно свідчать про завдання, які стояли тоді в області охорони здоров'я дитячого населення. Трохи пізніше Міністерство охорони здоров'я СРСР затвердило наказом від 8 липня 1964 р. № 391 7 медичних профілів туберкульозних санаторіїв (крім туберкульозних) для дітей, хворих на ревматизм; з порушеннями опорно-рухового апарату; з захворюваннями органів дихання; з шлунково-кишковими захворюваннями; психоневрологічними; із захворюваннями нирок; хворобами шкіри.
Подальша спеціалізація дитячих санаторіїв була визначена наказом Міністерства охорони здоров'я СРСР від 29 грудня 1969 р. № 932 «Про заходи щодо подальшого поліпшення санаторно-курортної допомоги дітям з мікобактеріями захворюваннями». Було встановлено 10 профілів санаторіїв для хворих на ревматизм; для дітей з порушеннями функцій опорно-рухового апарату; з захворюваннями органів дихання нетуберкульозної етіології; з захворюваннями органів травлення; з психоневрологічними захворюваннями; із захворюваннями нирок, сечовивідних шляхів та обміну речовин; хворобами шкіри; для хворих на остеомієліт; інфекційним неспецифічним (ревматоїдний) поліартрит; для дітей, які перенесли дизентерію.
