Центральний вузол будь-якої функціональної системи становить надзвичайно міцно пов'язана функціональна пара - кінцевий корисний ефект системи і апарат оцінки достатності або недостатності цього ефекту. Основні риси цієї організації притаманні як систем з константным кінцевим результатом, так і екстрено складним функціональним системам на основі вироблення умовного рефлексу або використання минулого досвіду, зафіксованого в апаратах пам'яті.
Будь-яка функціональна система принципово має одні і ті ж особливості, вона допускає передачу функції одних клітинних елементів інших при збереженні кінцевого результату. Ця обставина дозволяє зрозуміти, чому така система володіє потенційною здатністю компенсації. Критерієм існування і правильної роботи такої організації є не тільки наявність активності складових її елементів, а отримання корисного ефекту від їх об'єднання за допомогою результату спільної діяльності.
Таким чином, теорія функціональної системи розглядає її клітинні і тканинні елементи організму і результат їх діяльності в єдності, вона дозволяє оцінити характер і якість живої системи з допомогою одного критерію - корисного пристосувального ефекту. Цей корисний пристосувальний ефект виступає в ролі рушійної сили, яка об'єднує елементи системи в єдине ціле.
Теорія функціональної системи є логічним наслідком всього ходу розвитку уявлень про цілісність організму. Включаючи в себе ранні досягнення теоретичної біології, теорія функціональної системи збагачує біологію тим, що дозволяє з єдиних позицій розглядати як організми, що володіють розвиненою нервовою системою, так і нижчі форми організації біологічних систем.
Акцептор дії утворюється для кожної ситуації, тобто акцепторів дії може бути стільки, скільки ситуацій виникає і поставлених цілей. За П. К. Анохіну, конкретними фізіологічними механізмами, що забезпечують акцептор дії, точніше, передбачення та оцінку майбутнього результату, є: а) випереджальний збудження, б) перекодування результатів, що надходять у ЦНС у вигляді аферентації, в) звірення отриманих результатів з поставленою метою, а також коригування цих результатів і керування ними.
Акцептор дії формується як при багаторазових зустрічі організму з даною ситуацією, так і екстрено. У кожен момент часу відбувається звірення подій у зовнішньому світі з їх центральною моделлю, заготовленої в акцепторі результату дії. Встановлюється різниця між ними, і це неузгодженість власне і є тією інформацією, яка використовується акцептором дії для коригування у відповідності з особливостями моменту.
Дуже важливо підкреслити, що даний функціональний апарат мозку не є морфологічним освітою. Морфологічний субстрат служить лише основою для реалізації акцептора дії, моделюючим пристроєм, на базі якого розгортається, існує і змінюється власне модель-акцептор результату дії.
Таким чином, в організмі функціональна система являє собою динамічне об'єднання діяльності багатьох клітинних та тканинних елементів. Параметри результату цієї діяльності і є джерелом аферентації, яка, вступивши в ЦНС, є тим джерелом інформації, на базі якої будується і коригується акцептор дії.
Клітини і тканини є місцем прикладання впливу з боку ЦНС, їх активність забезпечує формування певного результату, параметри якого впливають на рецепторні освіти.
