Стерилізація всіх гумових та металевих інструментів, за винятком цистоскопов, проводиться шляхом кип'ятіння протягом 30 хвилин після ретельного промивання в проточній воді з милом. Так само стерилізуються еластичні інструменти, зроблені з пластмаси.
Шовкові катетери, просочені лаком, потрібно стерилізувати в парах формаліну протягом доби. Для цього існує спеціальний стерилізатор, який представляє собою довгастої форми шафка, в якому є кілька поличок з отворами. На полички укладають катетери бужі, а на дно шафки насипають або сухої формалін, або ставлять ванночку з налитим в неї 40% розчином формальдегіду. Інструменти, що зберігаються у цій шафці, в будь-який момент готові до вживання. Цістоскопи стерилізуються без оптичної системи в розчині оксицианата ртуті 1 : 1000 протягом 20 хв., або в описаних вище шафках з формальдегідом протягом доби. Оптична частина цистоскопа і уретроскопа стерилізується в спирті.
