Шкіра у змій суха, позбавлена залоз і вкрита лускою або панциром, що мають важливе приспособительное значення (оберігає шкіру від висихання і захищає її від ушкоджень). Роговий шар потовщений і розташований черепицеподібно. Між лусками він тонкий, що допомагає долати перешкоди при русі. Розтяжність покриву на спині, (боках і череві сприяє посилення легеневого дихання.
Змії мають довге тонке тіло, позбавлене кінцівок. Внутрішні органи відповідно витягнуті і розташовані асиметрично. У більшості змій, особливо отруйних, розвинене праве легке. Розширена задня частина дихального горла у гадюки бере участь в акті дихання, компенсуючи функцію атрофованого лівого легкого. Серце довгасте, розділений неповною перегородкою. Праве передсердя ширше лівого. Стравохід довгий, переходить у порівняно короткий кишечник з сильною мускулатурою, полегшує проштовхування їжі в шлунок. Статеві органи і нирки витягнуті. Статеві члени в самців - два парних мішка, покриті роговими щитами, розташовані позаду анального отвору; при порушенні вивертаються назовні; сечового міхура немає. Виділяють змії сечову кислоту, що забезпечує меншу витрату вологи, тому вони задовольняються рідиною, що надходить в організм з їжею.
Зір у більшості змій хороше; прикриває очей тонка прозора шкіряста плівка дещо знижує його гостроту. Перед линянням очі, мутніють, після неї - прозорі. Райдужна оболонка забарвлена в різні кольори. У змій, що ведуть нічний спосіб життя (всі отруйні), зіниці щілиноподібні, у решти круглі.
Зовнішнього слухового отвору у змій немає. Досить розвинене внутрішнє вухо. Нюх розвинений добре, що в спокої воно є сигнальним подразником, вловлюючи запах на відстані до 50 см. З органів почуттів особливо розвинений мову з парним органом Якобсона, що володіє властивістю тонкого хімічного аналізатора, з двома вихідними отворами на верхньому небі. Висунутий роздвоєний рухливий язик кілька секунд тріпоче в повітрі і, торкаючись предмета, втягується всередину. Засовуючи кінчик мови в орган Якобсона, змії отримують необхідну інформацію про предметах навколишнього середовища. Це забезпечує їм впевнений рух по сліду видобутку, пошук жертви і т. д. Думка про отруйність мови необґрунтовано. У ямкоголовых, наприклад у щитомордника, ямки між очима і ніздрями виконують роль термолокатора: вловлюючи їм температурну різницю в 0, ГС, вони визначають місцезнаходження будь-якого тіла, що випускає теплові промені, на відстані 35 см, особливо при низькій температурі навколишнього середовища. Т. Буллак і Р. Каулс (1952), вимірюючи у змій біоструми в нерві, встановили найбільшу реактивність на інфрачервоні промені з довжиною хвилі 0,01-0,015 мм, що відповідає максимуму тепла, випромінюваного тваринами.
Потужний довгий спинний мозок змій свідчить про примітивність вищої нервової діяльності. Між тим він забезпечує виняткову координацію, точність рухів і реактивність мускулатури тіла. Хребет складається з 141-435 хребців. Завдяки їх рухливості змії легко згинають тіло і пересуваються - повзуть. Опорою при русі служать кінці ребер, сполучені сильними м'язами і зв'язками. Рух є важливим чинником тривалості життя змій. Для більшості змій характерно извивающееся, безшумне, ковзне рух; довге, гнучке тулуб хвилеподібно вигинається від голови до хвоста. Тіло, спираючись на субстрат, створює штовхає силу. Швидкість руху не більше 6-8 км/ч. На гладкому і сипучому субстраті, рухомому піску пустель піщана ефа і рогата гремучник пристосовані до типу руху «бічний хід».
Череп змій складається з невеликої мозкової коробки і кісток щелепного апарату. Нижня щелепа підвішена до черепа на еластичній зв'язці, що дозволяє заковтувати цілком велику жертву. Вигнутими зубами видобуток проштовхується в стравохід завдяки рухливості ребер і широкому їх розбіжності в сторони.
