Друга підгрупа аменорей, як вже було зазначено, зумовлена первинним ураженням ефекторних органів - яєчників і матки. Аменореї у цих випадках можуть бути первинними і вторинними, нерідко супроводжуються нерізко вираженими порушеннями функції гіпоталамо-гіпофізарної системи, які з'являються через деякий час після порушень менструальної функції, тобто є вторинними.
Причиною первинного ураження яєчників можуть з'явитися анатомічні його зміни, зумовлені дистрофічними процесами (склерокістоз), деструкцією на ґрунті перенесених запальних захворювань, а також порушення біосинтезу естрогенів, викликані першими двома причинами, так і недостатністю ферментативних систем.
Причиною первинного ураження матки (ендометрію) найбільш часто є запальні процеси, викликані специфічною інфекцією (туберкульоз) або травматизацією, коли видаляється практично весь шар ендометрію і в подальшому відбувається його заміщення рубцевою тканиною.
Діагностика яєчникової недостатності здійснюється за допомогою тестів функціональної діагностики, що визначають виражений дефіцит естрогенів, ановуляцію, вкрай низькі цифри прегнандіолу. Дослідження подібних жінок виявляє гіпоплазію органів статевої сфери.
Діагностика ураження матки ґрунтується на відсутності менструальноподібна реакції на введення естрогенів, а також на використанні діагностичного вискоблювання слизової матки, при якому або взагалі не вдається отримати ендометрій, або знаходять атрофічні клітини переважно базальних шарів. Дуже цінним методом діагностики є рентгенологічний спосіб, виявляє або повну відсутність, або зменшену і деформовану порожнину матки. Лікування в подібних випадках має бути комплексним і спрямованим не тільки на усунення патології яєчника і матки, але і на гіпоталамо-гіпофізарну систему, так як при первинному ураженні ефекторних органів в силу зворотних зв'язків завжди є ураження центрів. Місцеві хірургічні та теплові процедури доцільно поєднувати з витаминотерапией, циклічної гормонотерапією помірними дозами яєчникових гормонів, гонадотропінами, впливом на вищі центри, використовуючи поздовжню діатермію головного мозку, непряму електростимуляцію гіпоталамо-гіпофізарної області, збудження рецепторів шийки матки.
Третя підгрупа відноситься до тих видів аменорей, які обумовлені первинними ураженнями наднирників і щитовидної залози і характеризується в першу чергу симптомами зміни діяльності цих ендокринних органів. До них відносяться, наприклад, адрено-генітальний синдром і мікседема, діагностика і лікування яких добре розроблені.
Друга група, що об'єднує циклічні порушення, проявляється ановуляцією або гиполютеиновыми циклами і рідше - лютеинизацией. Причиною ановуляції при нормальних за часом маткових кровоотделениях слід вважати порушення, що розвиваються в нейросекреторных субстанціях гіпоталамо-гіпофізарної системи, що призводять до втрати пикообразных виділень відповідних рилізинг-факторів, FSH і LH. Як правило, подібні стани нерідко корелюються із загальною зниженою продукцією гіпофізарних гормонів. Найчастіше ці порушення спостерігаються в періоді статевого дозрівання і в климактерии, будучи відображенням певної недозрілості гіпоталамо-гіпофізарної системи у першому випадку і відображенням вікових інволюційних процесів - у другому. Подібні порушення можуть бути і у репродуктивному періоді, залишаючись стійкими протягом тривалого часу або з'являючись спорадично в залежності від змін умов існування організму (сезонні коливання, соматичні захворювання, нервово-психічні перевантаження тощо). При зазначених порушеннях симптоми ураження діенцефальних структур зазвичай виявляються одночасно з симптомами порушення менструального циклу, або взагалі можуть не проявлятися, або визначатися лише при використанні спеціальних методик. Це дозволяє вважати, що первинні зміни при подібній ановуляції переважно розвиваються у нейросекреторных структурах гіпоталамуса.