Грунтуючись на мікробіологічних відкриття Л. Пастера, шотландський хірург Д. Лістер (1827-1912) запропонував новий метод лікування ран - хімічне знищення збудників інфекції, антисептику (1865, 1867). Активно розробляв і впроваджував антисептику німецький лікар Р. Фолькманн (1830-1889).
Велику роль у поліпшенні антисептичної пов'язки і в раціональному застосування антисептичного методу (потім і асептичного) зіграли з початку 70-х років російські хірурги П. П. Пелехин, П. І. Бурцев, А. А. Китер, а в російсько-турецьку війну 1877-1878 рр. - Н. Ст. Скліфосовський (1836-1904), С. П. Коломнин (1842-1886), К. К. Рейер (1846-1890), Н. А. Вельямінов (1855-1920). З багатьох пропозицій Н. Ст. Скліфосовського необхідно відзначити операції на кістках при хибних суглобах («замок Скліфосовського», або «руський замок»), операції при зобі, на жовчному міхурі та ін. Йому належить заслуга перебудови хірургічної клініки на засадах гігієни. Н. А. Вельяміновим розроблені методи лікування кісток і суглобів, введений у військово-польову хірургічну практику «індивідуальний пакет» для надання першої допомоги.
Наступним після антисептики кроком профілактики хірургічної інфекції була асептика (усунення проникнення збудників інфекції в рану). Першими застосували асептичне лікування М. С. Суботін (1848-1913), Н. Ст. Скліфосовський, Е. Бергман (1836-1907, спочатку в Дерпті, потім у Німеччині), німецький хірург К. Шиммельбуш. П. І. Дияконів (1855-1908) обґрунтував і описав асептичний метод у праці «Основи протипаразитної лікування ран» (1895), вказавши на тісний зв'язок асептики і антисептики. Новим методом боротьби з раневой інфекцією, заснованим на досягненнях фізичної хімії, з'явилася «фізична антисептика», розроблена М. Я. Преображенським (1890, 1894). Автоклав для стерилізації білизни, перев'язувального матеріалу, інструментів запропонований російським військовим лікарем Л. Л. Гейденрейхом в 1884 р. Н. Ст. Скліфосовський, М. А. Вельямінов і П. В. Дияконів поклали початок російської хірургічної періодичної преси.
Безболісність і асептичність операцій забезпечили швидке розширення кола хірургічних втручань і вдосконалення хірургічної техніки. За кордоном виділялася діяльність хірургів Т. Більрота (1829-1894), запропонував резекцію шлунка, операції мовою, печінки, видалення передміхурової
залози, гортані та ін; Т. Кохера (1841 - 1917) - автора операції при зобі (спільно з Бильротом), творця нових інструментів, названих його ім'ям, та ін.
В середині і особливо в другій половині 19 століття із загальної хірургії, як і з загальної терапії, виділилися дисципліни, спочатку не існували як самостійні,- офтальмологія, оперативна гінекологія та ін. З учнів М. І. Пирогова видним представником офтальмології став В. О. Караваєв (1811-1892), гінекології - А. А. Китер (1813-1879). Велике місце у розвитку офтальмології належить Р. Гельмгольцу (див. вище), а в Росії - Е. В. Адамюку (1839 - 1906). Початок оториноларингології як самостійної наукової дисципліни в Росії поклав н. п. Симановський (1854 - 1922). У гінекології ряд нових пропозицій по діагностиці і операційній техніці вніс Ф. Тренделенбург (1844-1924); в Росії видатними гінекологами були А. Я. Красовський (1821-1898), В. Ф. Снєгірьов(1847 - 1916), Д. О. Отт (1855 - 1929) і ін
Значно збагатило хірургію, як і медицину в цілому, виникнення рентгенології, пізніше радіології. Відкриття німецьким фізиком К. Рентгеном (1845-1923) «ікс-променів» (1895), названих рентгеновими, озброїло як діагностику, так і лікування.
На рубежі 19-20 століть і в 20 столітті відзначаються подальша диференціація хірургії та виділення хірургічних дисциплін: урології, ортопедії, травматології, нейрохірургії, онкології та ін
