Французька революція (1789-1794) ознаменувала крах феодального ладу і настання ери капіталізму. Створювались масові армії, що комплектуються на основі загальної військової повинності. У французькій революційній армії згуртованою революційним піднесенням, з її новими принципами військового мистецтва на основі визнання прав людини за солдатом був проведений ряд реформ в галузі військової медицини: зміст поранених взяло на себе держава (1792), лікарі призивалися в армію по мобілізації (1793), були засновані рухомі і стаціонарні госпіталі, а діяльність їх регламентована (1792). На полях битв проводилися в життя прогресивні ідеї видатних французьких хірургів П. Персі і Д. Ж. Ларрея (підрозділи носильників, летючі амбулансы). Управління медичною службою перейшло в руки фахівців-лікарів і фармацевтів.
Однак з придушенням революції військово-медична організація прийшла в занепад. Солдат розцінювався лише як «гарматне м'ясо», військово-медична адміністрація перейшла в руки интендантов.
В той час в Росії все ще зберігалися феодально-кріпосницькі відносини, гальмували розвиток її економіки та збройних сил. Тому подальший розвиток російської військової медицини, успішне в теоретичному відношенні, лише дуже обмежено торкнулося практики медичного забезпечення військ. Це проявилося вже у Вітчизняній війні 1812 р. Струнка система медичного забезпечення російської армії, регламентована в «Установу для управління Великою діючою армією» (1812) та в інших законодавчих документах, була розроблена лише до моменту сполуки 1 і 2-й Західних армій під Смоленськом і в ході війни не була повністю реалізована. Ця система передбачала «полкову перев'язку», розвізні госпіталі, були головними перев'язувальними пунктами, рухливі госпіталі, розташовувалися за развозными у вигляді ланцюжка лікувальних установ з диференційованими функціями на шляху до головним військово-тимчасових госпіталях тилу країни. Винесення поранених з поля бою здійснювався командами носильників з ополчення, доданими полкам і развозным шпиталях.
У цей період були створені перші праці вітчизняних авторів, які виділили військову медицину в особливу галузь медичної науки, що визначили її зміст і заклали теоретичні основи організації і тактики медичного забезпечення військ («Слово про користь і предмети військової гігієни, або науки зберігати здоров'я військовослужбовців» М. Я. Мудрова, «Кишенькова книжка військової гігієни, або зауваження про збереження здоров'я російських солдатів» В. І. Энегольма).
Для наступного періоду, аж до середини 19 століття включно, характерно гостре невідповідність між теорією і практикою військової медицини. В обстановці миколаївського жандармського режиму ідеї Р. С. Четыркина («Досвід військово-медичної поліції, або правила до збереження здоров'я російських солдатів в сухопутній службу»), А. А. Чаруковского («Військово-похідна медицина») і навіть Н. І. Пирогова в більшості випадків не знаходили застосування. Такою ж була доля законодавчих актів, що розвивали евакуаційну систему. Статут про неодмінних військових госпіталях (1828) стверджував згубний двовладдя в управлінні шпиталем (доглядач і головний лікар). Під час російсько-турецької війни 1828-1829 рр. медичного забезпечення військ різко погіршився: зривалася планомірна госпіталізація і евакуація поранених; непомірно зросла захворюваність малярією, дизентерією і чумою; поранених поміщали разом з острозаразными хворими (в тому числі чумними). Становище істотно не змінилося і до початку Кримської війни 1853-1856 рр.
Між тим саме в цей час був внесений Н. В. Пироговим неоціненний внесок у теорію і практику військової медицини. Основні пропозиції, настільки ефективно і енергійно застосовані ним у ході Кримської війни, були сформульовані в його працях «Початку загальної воєнно-польової хірургії» і «Військово-лікарська справа і приватна допомога на театрі війни в Болгарії». Ці
праці дозволяють визнати Н. І. Пирогова основоположником сучасної воєнно-польової хірургії, а також творцем основ організації і тактики медичної служби. Йому належать: визнання за адміністрацією (тобто організацією) «головну роль у справі допомоги пораненим і хворим на війні» (Пирогів довів, що всі галузі військово-медичного забезпечення повинні перебувати в руках компетентних осіб - лікарів, а не інтендантських і стройових чинів); введення сортування поранених і хворих як однієї з основ правильної організації лікувально-евакуаційного процесу (див. Сортування медична); визначення обсягу медичної допомоги на кожному етапі медичної евакуації при особливій ролі головних перев'язних пунктів; система «розсіювання» поранених; пропозицію про розукрупнення польових госпіталів (у кожному з 210 ліжок замість 630) і про їх «універсалізації», «щоб вони могли безперешкодно змінювати своє призначення» згідно з умовами обстановки. До цього треба додати широке запровадження знеболювання (наркоз) на медичних пунктах і в госпіталях; знамениту гіпсову пов'язку, яка поклала початок ери «ощадного лікування» і створила можливість евакуації поранених з вогнепальними переломами довгих трубчастих кісток; організацію евакуаційної служби, що перетворила «перевезення» у медичну евакуацію; початок застосування жіночої праці сестринського на театрі військових дій і навіть спроби спеціалізації лікувальних установ у великому госпітальному колекторі (Сімферополь). Ці ідеї Пирогова послужили основою для розвитку військової медицини у всіх державах Європи і отримали подальший розвиток у наш час.
